Школа является инновационной, в ней ведутся разработки по новым формам организации совместной деятельности взрослых и детей в Школе. Поэтому Школе важным органом управления является Научно-методический совет. Он отвечает за управление инновационной деятельностью и исследовательской работой: разработку концепции и направлений развития Школы; проектирование изменений в организации совместной деятельности на всех возрастных параллелях школы; утверждение образовательных программ по обучению совместной деятельности взрослых и детей; организацию модельных учебных занятий, уроков, их рефлексивный анализ; организацию экспертизы и оценку результатов инновационной деятельности в Школе.
В состав Научно-методического совета Школы входят: научный руководитель, директор школы, организаторы совместной деятельности, руководители образовательных программ и методических объединений.
В структуре Школы выделены три параллели (или ступени) классов: начальная школа, школа младших подростков и старшая школа. На каждой параллели классов реализуются проекты по развитию и организации совместной деятельности взрослых и детей. Совместная деятельность взрослых и детей - особый предмет обучения, образования в МБОУ СОШ № 49. Именно поэтому каждую возрастную параллель возглавляет заместитель директора по учебной работе. И он же одновременно является организатором совместной деятельности. На каждой возрастной параллели есть органы самоуправления. В начальной школе и школе младших подростков - это Советы дела, на ступени старших подростков и в старшей школе - это Совет старшеклассников. Советы участвуют в планировании жизни параллели, организуют и проводят коллективные, творческие дела, встречи, дискуссии, участвуют в выработке и принятии норм и правил школьной жизни.
В Школе несколько проектно-исследовательских групп, в которых совместно работают ученые и педагоги. Руководители этих групп участвуют в управлении Школой. Также организована работа методической службы, реализуются программы образовательной поддержки инновационной деятельности педагогов и образовательного сопровождения деятельности молодых педагогов. Эти задачи решает заместитель директора по научно-методической работе.
Управляющий Совет Школы обсуждает основные проекты и программы развития Школы, определяет формы их поддержки.
К компетенции Управляющего Совета относятся вопросы, связанные с организацией системы дополнительных образовательных услуг в Школе, обеспечением здоровых и безопасных условий для детей и педагогов, сохранностью школьного имущества.
Существенной характеристикой управления в Школе является его ориентация на поддержку инициатив разных участников совместной деятельности, а в качестве «инициаторов» выступают педагоги, дети, родители.
